Ein wichtiges Fundstück aus der Römerzeit ist der in die Fassade der Kirche S. Marta eingemauerte Grabstein von Lucio Minicio Exorato Den Römern folgten die Goten, die Byzantiner und die Langobarden. Unter der Herrschaft der Franken und Ottomanen verbreitete sich auch am Comer See das Lehnwesen. Im Mittelalter wurde in Menaggio eine Burg errichtet. Seit jeher hatte Menaggio durch seine Lage an der Via Regina große strategische Bedeutung; schon in der Antike war die Via Regina ein wichtiger Reise- und Handelsweg, da sie eine schnelle Verbindung zwischen der Poebene und dem nördlichen Alpenraum ermöglichte.

Im Jahre 1805, nach der Entstehung des Königreichs Italien, wurde Menaggio Sitz der stellvertretenden Präfektur und 1859 Zentrum der aufständischen Bewegung (Risorgimento) gegen die Österreicher. Ende des Jahrhunderts begann mit der Errichtung der großen Hotels die Entwicklung des Tourismus. Um die Jahrhundertwende war Menaggio bereits ein weithin bekannter Fremdenverkehrsort. Wichtig für diese Entwicklung war im Jahr 1884 der Bau der Eisenbahnlinie Menaggio - Porlezza, die bis 1939 in Betrieb war, und die Gründung des Menaggio Cadenabbia Golf Club.

1945 wurde der Ort Zeuge des Fluchtversuchs von Benito Mussolino, der von dort die Schweizer Grenze erreichen wollte. Am 26 April übernachtete er im Schulgebäude Menaggios, das zu jener Zeit als Kaserne diente. Er wurde jedoch von Partisanenkämpfern in Dongo gefangengenommen.

Im 16. Jh. war Menaggio mehrmals Schauplatz von Kampfhandlungen, da es dem Druck der Graubündener, die bereits Valtelin unterworfen hatten, nicht weichen wollte. Schließlich gelang es im Jahre 1523 jedoch die Burg einzunehmen und vollständig zu zerstören. 1525 begann die spanische Herrschaft. Die Lebensumstände waren sehr schlecht. Diese Situation dauerte bis 1714; unter der ersten österreichischen Herrschaft verbesserte sich die Lebensqualität schnell.